Năm 2017 Tập 21 Số 3

TÁM GENE MỚI ĐƯỢC PHÁT HIỆN Ở CHỦNG ACINETOBACTER BAUMANNII DMS06669 ĐA KHÁNG LÂM SÀNG TẠI MỘT BỆNH VIỆN Ở ĐỒNG NAI

NEW 8 GENES IDENTIFIED AT THE CLINICAL MULTIDRUG-RESISTANT Acinetobacter baumannii DMS0669 STRAIN IN DONG NAI HOSPITAL

Bấm tải bài viết

Tạp chí Y học Thành phố Hồ Chí Minh, 21(3):22. DOI

Lượt xem: 169 Lượt tải PDF: 2

Tác giả

Nguyễn Sĩ Tuấn*,**, Hứa Mỹ Ngọc**, Phạm Thị Thu Hằng**,***, Lê Duy Nhất**, Nguyễn Thúy Hương*

Tóm tắt

Mở đầu: Acinetobacter baumannii là một tác nhân gây nhiễm khuẩn bệnh viện quan trọng với khả năng phát triển một loạt các cơ chế kháng đa thuốc khác nhau.

Mục tiêu: Trong nghiên cứu này, chúng tôi đã giải mã hệ gene chủng A. baumannii DMS06669, được phân lập từ đờm của một nam bệnh nhân bị viêm phổi bệnh viện và nghiên cứu tập trung vào việc xác định các gene liên quan tới sự đề kháng kháng sinh.

Phương pháp: Hệ gene A. baumannii DMS06669 được giải mã bằng Illumina HiSeq platform, chất lượng được kiểm soát và việc lắp ráp de novo cho tổng cộng 24 scaffold, dự đoán gene và chú giải chức năng tiếp theo với các dữ liệu trên thế giới như tRNAscan-SE, RNAmmer, Tandem Repeat Finder, CRISPR Finder, IS Finder và COG, sau đó cây phát sinh loài của chủngA. baumannii DMS06669 so với 21 chủng A. baumannii trên dữ liệu KEGG được xây dựng.

Kết quả: Việc xác định các gene kháng kháng sinh tiềm năng được tiến hành trên ResFinder cho thấy có 18 gene (với 8 gene chưa từng được ghi nhận ở Acinetobacter baumannii) có liên quan tới sự đề kháng 8 lớp kháng sinh.

Kết luận: Các kết quả được thiết lập trong nghiên cứu của chúng tôi đã chỉ ra rằng cơ chế đề kháng kháng sinh đa dạng, có thể tồn tại ở chủng A. baumannii DMS06669 và cung cấp một khuyến cáo lâm sàng cho liệu pháp với các bệnh nhân nhiễm A. baumannii.

Từ khóa: Acinetobacter baumannii, đa kháng lâm sàng, carbapenem, giải trình tự hệ gene, DMS06669

Abstract

Nguyen Si Tuan, Hua My Ngoc, Pham Thi Thu Hang, Le Duy Nhat, Nguyen Thuy Huong
* Y Hoc TP. Ho Chi Minh * Vol. 21 - No 3 - 2017: 23 – 31

Background: Acinetobacter baumannii is an important nosocomial pathogen with ability to develop a variety of multidrug resistance (MDR) mechanisms.

Objective: In this study, we characterized the genome of A. baumannii DMS06669 strain, which was isolated from the phlegm specimen of a male with hospital acquired pneumonia and focused on identification of genes relevant to antibiotic resistance.

Method: The A. baumannii DMS0669 genome was sequenced on Illumina HiSeq platform, quality controlled and de novo assembled to produce a total of 24 scaffolds, following gene prediction and functional annotation to public databases such as tRNAscan-SE, RNAmmer, Tandem Repeat Finder, CRISPR Finder, IS Finder and COG, then the phylogeny tree of DMS06669 strain with 21 other A. baumannii strains on KEGG database was constructed.

Results: The identification of potential antibiotic resistance genes was conducted on ResFinder yielding 18 genes (with 8 genes have never reported before in A. baumannii) related to resistance of 8 antibiotic class.

Conclusion: Our obtained results in this study point out that the diverse possible mechanism of antibiotic resistance, existed in A. baumannii DMS06669 strain and provide a clinical advice for the therapy of A. baumannii infected patients.

Keywords: Acinetobacter baumannii DMS06669, clinical multidrug-resistant, carbapenem, whole-genome sequencing